Formalizace biomedicínských znalostí

Brainstormingový seminář “Formalizace biomedicínských znalostí” oborové rady Biomedicínská informatika, 1. lékařská fakulta Univezity Karlovy v Praze ve spolupráci s Fakultou informačních technologií ČVUT v Praze a EuroMISE Mentor Association.

Program

15.00 – 15.15 Jana Zvárová:  Úvodní slovo.
15.15 – 15.45 Robert Pergl:  Konceptuální modelování v OntoUML.
15.45 – 16.00 Diskuse k první přednášce.
16.00 – 16.30 David Buchtela: Spojení OntoUML a GLIKREM ve znalostním rozhodování.
16.30 – 16.45 Diskuse ke druhé přednášce.
16.45 – 17.15 Miroslav Zvolský:  Formalizované klinické doporučené postupy s datovou

a procesní složkou.

17.15 – 17.30 Diskuse ke třetí přednášce.
17.30 – 18.00 Brainstorming k tématu Formalizace biomedicínských znalostí.

Abstrakty

Ing. Robert Pergl, Ph.D.

Konceptuální modelování v OntoUML

OntoUML je rozšířením známé notace UML o prvky ontologicky-orientovaného konceptuálního modelování. Díky zjemnění kategorizace různých typů entit a zpřesnění jejich definice nabízí diagramy v OntoUML mnohem vyšší výrazovost v oblasti konceptuálního modelování. V tomto příspěvku se budeme věnovat části UFO-A, tedy strukturálním ontologickým modelům. Shrneme hlavní principy a koncepty OntoUML UFO-A a představíme zajímavý projekt z oblasti medicíny, kde bylo OntoUML úspěšně použito.

Ing. David Buchtela, Ph.D.

Spojení OntoUML a GLIKREM ve znalostním rozhodování

V každém zkoumaném systému, např. diagnostika a léčba pacienta, lze vytipovat podstatné entity (pacient, lék, vyšetření …) a jejich vztahy (asociace). Jako vhodný nástroj pro reprezentaci byl zvolen konceptuální model v OntoUML. Proces znalostního rozhodování lze chápat jako formu nedeterministického konečného automatu, kdy sledujeme přechody mezi stavy dané entity. Způsob (potřebná data a podmínky) přechodu mezi dvěma stavy popisuje model reprezentace procedurálních znalostí GLIKREM (Guideline Knowledge Representation Model). V příspěvku je popsáno provázání OntoUML, jako báze dat (entit), a GLIKREM, jako báze znalostí pomocí podstatných prvky obou modelů.

MUDr. Miroslav Zvolský

Formalizované klinické doporučené postupy s datovou a procesní složkou

Klinické doporučené postupy (KDP) jsou systematicky vyvíjená sdělení pomáhající lékařům a pacientům vybrat vhodnou zdravotní péči za daných klinických okolností. KDP jsou jedním ze základních prostředků přenosu znalostí z výzkumu do klinické praxe jako součást medicíny založené na důkazech. Doplnění těchto dokumentů formálním modelem jak datové, tak procesní struktury umožňuje jejich použití v aplikacích biomedicínské informatiky. V příspěvku bude popsán Katalog klinických doporučených postupů jako strukturovaná databáze metadat o dokumentech KDP včetně jejich formálních modelů.

Zpráva o  brainstormingovém semináři: Formalizace biomedicínských znalostí